Впервые краевой закон «О Контрольно-счетной палате Краснодарского края» был принят депутатами 28 января 1997 года. Губернатором Краснодарского края Николаем Игнатовичем Кондратенко он был подписан 6 февраля, а 18 февраля вступил в законную силу. Этот день и стал отправной точкой – Днем образования Палаты.
Законом на Контрольно-счетную палату были возложены функции организации и осуществления контроля за своевременным исполнением доходных и расходных статей краевого бюджета по объемам, структуре и целевому назначению, по оценке обоснованности доходных и расходных статей проектов краевого бюджета и бюджетов государственных территориальных внебюджетных фондов.
Вслед за принятием Закона о Палате в Устав Краснодарского края 4 июля 1997 года были внесены изменения, а именно: пункт 7 статьи 75 следующего содержания «Контроль за исполнением краевого бюджета осуществляет Контрольно-счетная палата края, состав и порядок деятельности которой определяются законом края».
В этот же день на должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края депутатами был назначен Николай Ильич Панченко, который руководил Палатой до марта 2013 года.
Новым этапом становления внешнего финансового контроля стало принятие Федерального Закона Российской Федерации от 7 февраля 2011 года № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований». В связи с этим, Законодательным Собранием Краснодарского края был принят новый Закон Краснодарского края от 4 октября 2011 года № 2321-КЗ «О Контрольно-счетной палате Краснодарского края».
Этим законом полномочия контролирующего органа значительно расширились. На Палату был возложен контроль за ходом и итогами реализации долгосрочных краевых и ведомственных целевых программ, а также планов и программ социально-экономического развития Краснодарского края; мониторинг исполнения краевого бюджета и бюджета территориального государственного внебюджетного фонда; участие в пределах полномочий в мероприятиях, направленных на противодействие коррупции и ряд других полномочий.
С марта 2013 года по январь 2025 года Контрольно-счетной палатой Краснодарского края руководил Юрий Александрович Агафонов.
В связи с расширением полномочий изменилась структура, статус должностей и штатная численность аппарата Палаты.
С 2013 года под руководством Агафонова Ю.А. начал активную работу Совет контрольно-счетных органов Краснодарского края, созданный в целях совершенствования системы внешнего государственного (муниципального) финансового контроля в регионе, который объединил краевую палату и все 44 муниципальных контрольно-счетных органа Кубани.
В 2016 году Агафонов Ю.А. возглавил комиссию по вопросам профессионального развития сотрудников КСО и вошел в состав Президиума Совета КСО при Счетной палате Российской Федерации.
С этого момента повысился уровень взаимодействия Палаты со Счетной палатой Российской Федерации и региональными КСО. В целях обмена опытом и распространения передовых практик органов финансового контроля ежегодным стало проведение образовательных курсов для сотрудников КСО, а также конкурса «Лучший финансовый контролер Российской Федерации».
В январе 2025 года на должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края депутатами Законодательного собрания края был назначен Сергей Павлович Усенко.
Учитывая современные требования, предъявляемые к деятельности органов внешнего финансового контроля, в настоящее время Палата, в ходе проведения мероприятий, ориентируется не только на оценку законности расходования бюджетных средств, но и на анализ эффективности использования государственного имущества и финансовых ресурсов.
В соответствии с изменениями в бюджетном законодательстве совершенствуются формы и методы работы Контрольно-счетной палаты, продолжают развиваться такие направления деятельности как экспертиза законопроектов Краснодарского края, аудит в сфере госзакупок, стратегический аудит.
Планомерно развивается процесс цифровизации деятельности Палаты. Для повышения качества работы инспекторского состава и уровня управленческого контроля при реализации полномочий по осуществлению внешнего государственного финансового контроля применяется системный и целенаправленный подход интеграции цифровых технологий в работу Палаты. Формирование единой информационной среды, интеграция программных комплексов в повседневные рабочие процессы Палаты, при соблюдении требований по обеспечению безопасности данных, являются важными составляющими на пути к цифровому развитию и модернизации деятельности.
Выступая в качестве конструктивного партнера для системы органов государственной власти и общества, Контрольно-счетная палата Краснодарского края помогает формировать перспективную картину социально-экономического состояния Кубани и предлагает пути решения, соответствующие стратегическим целям развития и отвечающие интересам жителей региона. Взаимодействие палаты с Законодательным Собранием и органами исполнительной власти Краснодарского края способствует обеспечению комплексного подхода к организации финансового контроля в регионе.
В настоящее время Контрольно-счетная палата – это динамично развивающийся орган внешнего финансового контроля, позитивно влияющий на формирование бюджетной политики Краснодарского края.