Впервые краевой закон «О Контрольно-счетной палате Краснодарского края» был принят депутатами 28 января 1997 года. Губернатором Краснодарского края  Николаем Игнатовичем Кондратенко он был подписан 6 февраля, а 18 февраля вступил в законную силу. Этот день и стал отправной точкой – Днем образования Палаты.

Законом на Контрольно-счетную палату были возложены функции организации и осуществления контроля за своевременным исполнением доходных и расходных статей краевого бюджета по объемам, структуре и целевому назначению, по оценке обоснованности доходных и расходных статей проектов краевого бюджета и бюджетов государственных территориальных внебюджетных фондов.

Вслед за принятием Закона о Палате в Устав Краснодарского края 4  июля 1997 года были внесены изменения, а именно: пункт 7 статьи 75 следующего содержания «Контроль за исполнением краевого бюджета осуществляет Контрольно-счетная палата края, состав и порядок деятельности которой определяются законом края».

В этот же день на должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края депутатами был назначен Николай Ильич Панченко.

Новым этапом становления внешнего финансового контроля стало принятие Федерального закона Российской Федерации от 7 февраля 2011  года №6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований». В связи с этим, Законодательным Собранием Краснодарского края был принят новый Закон Краснодарского края от   4   октября 2011 года № 2321-КЗ «О Контрольно-счетной палате Краснодарского края». Этим законом были значительно расширены полномочия контролирующего органа. На Палату был возложен контроль за ходом и итогами реализации долгосрочных краевых и ведомственных целевых программ, а также планов и программ социально-экономического развития Краснодарского края; мониторинг исполнения краевого бюджета и бюджета территориального государственного внебюджетного фонда; участие в пределах полномочий в мероприятиях, направленных на противодействие коррупции и ряд других полномочий.

В марте 2013 года на сессии Законодательного Собрания Краснодарского края на должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края был назначен Юрий Александрович Агафонов.

В настоящее время Контрольно-счетная палата – это динамично развивающийся орган внешнего финансового контроля, влияющий на формирование бюджетной политики Краснодарского края.